Museen
Für Alfred Flechtheim waren die Museen wichtige Käufer der von ihm vermittelten Werke, denn die öffentlichen Sammlungen machten nach seinen eigenen Aussagen „viel Reklame“ für die Galerie und spielten damit im Kunstmarkt eine wichtige Rolle. Über Werke seiner Künstler in öffentlichen Institutionen ließ sich dokumentieren, dass sie des Sammelns, des Bewahrens und des Präsentierens wert waren. Da die Museen jedoch zumeist mit kleinen bis keinen Ankaufetats zu kämpfen hatten, griff Flechtheim nicht selten zu der Möglichkeit von Schenkungen, die er entweder selber tätigte oder für die er andere Mäzene gewinnen konnte.

Flechtheim dokumentierte im ‚Querschnitt’ und in Texten der Ausstellungskataloge die von ihm vermittelten Werke an öffentliche Sammlungen. Es ist wohl die Ironie der deutschen Geschichte, dass wenige Wochen nach Flechtheims Tod seine Bemühungen um die Platzierung der Werke seiner Künstler in den Museen durch die Aktion „Entartete Kunst“ systematisch zunichte gemacht wurden. Längst nicht alle der von Alfred Flechtheim an deutsche Museen vermittelten Werke befinden sich heute noch an dem Ort, an den er sie vermittelt hatte. Etliche sind bis heute verschollen.

Private Sammlerinnen und Sammler
Anders als die Museen wurden die privaten Käufer in der Regel nicht öffentlich benannt, so dass der Weg der Werke an Privatpersonen in den meisten Fällen nicht nachvollzogen werden kann. Zuweilen finden sich die Namen von Sammlern in den Katalogen der Galerie - allerdings ohne Präzisierung der Werke. Es kann also davon ausgegangen werden, dass Flechtheim auch dieses Kundensegment erfolgreich betreut hat, wenn auch Gewinnspannen und Vermittlungsprovisionen heute nicht mehr zu ermitteln sind. Zu Flechtheims Kundenkreis gehörten u.a. bedeutende Kunstsammler wie Klaus Gebhard, Wuppertal; Erich Raemisch, Krefeld; Werner Vowinkel, Köln; Josef Haubrich, Köln; Hans Koch, Düsseldorf; Georg Simon Hirschland, Essen; Harry Graf Kessler, Weimar; Eduard von der Heydt, Elberfeld; Alfred Hess, Erfurt; Ismar Littmann, Breslau; Hermann Lange, Krefeld; Hugo Borst, Stuttgart; Bernhard Koehler, Berlin; Hugo Simon, Berlin; Paul Gerstenberg, Berlin; Jakob Goldschmidt, Berlin; Robert Graetz, Berlin; Ida Bienert, Dresden; Helene Kröller-Müller, Amsterdam; Max Silberberg, Breslau; Gottlieb Friedrich Reber, Lausanne und Oskar Reinhart, Winterthur, Theodor Werner, Potsdam und Rudolf Rütgers, Potsdam.